El juliol de l’any 1936 els militars espanyols capitanejats per Francisco Franco se subleven contra la legitimitat democràtica. Comença aleshores la Guerra Civil, que s’allargarà tres anys i representarà l’avantsala de la 2ª Guerra Mundial. Durant tot el període, ERC manté la presidència de la Generalitat i algunes de les conselleries més importants, com la Conselleria Primera o la de Governació.

Amb la victòria feixista l’any 39, s’inicien gairebé 40 anys de dictadura, que signifiquen l’exili de milers de catalans i de la meitat dels 70.000 militants que té aleshores el partit. Prop de 20.000 són empresonats i la resta executats o morts durant la guerra. El 15 d’octubre del 1940 el govern feixista espanyol assassina el president legítim de la Generalitat, Lluís Companys. Cada 15 d’octubre, ERC-Barcelona ret homenatge al president Companys i denuncia que el Govern espanyol encara no ha anul·lat la sentència que condemnava a mort el president de la Generalitat.

L’any 1945, el Congrés d’ERC a l’exili nomena Josep Terradellas secretari general del partit, un càrrec que abandona el 1954 quan és escollit president de la Generalitat a l’exili en substitució de Josep Irla.

Durant la dictadura, ERC s’organitza a l’exterior i l’interior del país per fer front al poder de Franco. El 1952 Heribert Barrera torna a Catalunya i assumeix de facto la direcció del partit. Durant tots aquests anys, ERC participa de qualsevol moviment antifranquista: l’Assemblea de Catalunya, la Coordinadora de Forces Polítiques, el Consell de Forces Polítiques, etc.